Çan'a bağlı Bahadırlı köyü sınırları içerisindeki İnkaya Mağarası, 2016 yılında Ankara Üniversitesi, Dil ve Tarih-Coğrafya Fakültesi, Antropoloji Bölümü, Paleoantropoloji Anabilim Dalı Öğretim Üyesi Prof. Dr. İsmail Özer başkanlığında yapılan 'Muğla ve Çanakkale İlleri Yüzey Araştırması' sırasında bulundu.
2021 yılından itibaren ise İsmail Özer başkanlığında Cumhurbaşkanlığı Kararlı Kazı statüsüne çevrildi.
Buluntuların, Türkiye'de devam eden diğer mağara kazılarından elde edilen buluntular ile benzerlik göstermediği, daha çok Balkan Paleolitiği ile ilişkili olabileceği, bu nedenle İnkaya kazılarının Anadolu-Balkanlar arasındaki Paleolitik dönem insanlarının göçlerine ışık tutabileceği belirtiliyor.
İnkaya Mağarası'nın 2012 yılından bu yana Kültür ve Turizm Bakanlığı'nın izinleriyle başkanlığını yaptığı 'Muğla ve Çanakkale İlleri Yüzey Araştırması' projesinin 2016 yılı çalışmaları sırasında keşfedildiğini belirten Kazı Başkanı Prof. Dr. İsmail Özer, "Jeofizik araştırmalarına göre yaklaşık 100 metre kadar toprak üstünde ve altında kayalıklar halinde devam eden mağarada şimdiye kadar yapılan 5 sezonluk kazı çalışmalarında 15 binin üzerinde alet ya da alet parçası olarak kullanılmış çakmaktaşı yontmataş buluntular ve andezitten vurgaçlar ele geçmiştir" dedi.
Özer, "Mağara, Orta Paleolitik dönemde kuzey yarımkürede hüküm süren buzul dönemlerinde yaşayan Homo neanderthalensis'lerin, Orta Doğu'daki Tabun, Amud, Kebara, Shanidar buluntu yerleri ile Avrupa'daki Krapina, Vindija, Saccopastore, Le Moustier gibi buluntu yerleri arasındaki göçleri ve genetik/kültürel bağlantılarını ortaya çıkarması açısından kilit konumundadır ve uluslararası bir ekip tarafından yapılan kazılar bilim dünyasında ilgi ile takip edilmektedir" diye konuştu.